新中国成立初期，南通港是内河小港，货物吞吐量3.8万吨，客运量8.3万人次。1980年，南通港2个万吨级深水泊位建成使用，实现海轮直达和江海换装。1982年，南通港成为长江全线首批对外开放港口，从干流港一跃成为江海河联营的枢纽港口。上世纪90年代后，南通拥有万吨级泊位28座，成为全国十大港口之一，长江第二大港口。作为上海国际航运中心的重要一翼，与世界64个国家和地区178个港口通航。2006年，南通港跻身全国沿海亿吨大港行列。党的十八大以来，南通港口建设进一步加速，连申线三级航道通航，南通结束了无高等级内河航道历史，洋口港15万吨级、吕四港10万吨级航道开工建设，长江干线太仓至南通段12.5米深水航道一期工程竣工通航，10万吨级及以上海轮减载通航，南通港、如皋港、洋口港和启东港上升为国家级水运口岸并相继开放。2018年，南通港货物吞吐量达2.36亿吨，是1978年的90倍。