解放初期南通交通运输面貌十分落后。1949年，全市共有公路35条，公路里程仅881公里，其中土路占93%。新中国成立到改革开放前的近30年，全市交通滞后的状况虽有所改善，但短板仍十分凸显。改革开放后，在政策和资金支持下，南通交通基础设施建设取得突破性进展。公路路网四通八达。1989年南通为苏北第一个实现乡乡通公路的城市；1996年宁通高速公路全线贯通；2008年苏通长江大桥、2011年崇启大桥建成通车，南通融入上海一小时都市圈。2018年，全市高速公路里程达到334公里，公路旅客运输量达7310万人次。铁路路网从无到有。2005年新长铁路南通段建成通车；2016年宁启铁路正式开通动车组列车，南通由此进入动车时代。2018年末，南通火车站每天始发列车24对，全年铁路旅客运输量516.25万人次。民航面貌焕然一新。1993年元旦南通兴东机场首航，2015年兴东机场口岸正式成为我国一类航空开放口岸。2018年末，南通兴东国际机场拥有国内航线31条，国际航线4条，全年旅客运输量277万人次。